مرکز تحقیقات علوم باروری و سلامت جنسی پس از دو سال فعالیت، در بین مراکز تحقیقاتی با با فعالیت کمتر از 10 سال، در ارزشیابی کشوری مراکز تحقیقاتی در سال 1401، جزء مراکز برتر معرفی شد و از سوی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان اعتبار پژوهشی معادل یک میلیارد ریال در سال 1403 به این مرکز اختصاص داده شد.